قديمي‎ترين مدرسة نايين مدرسة امامزاده سلطان سيد علي مي‏باشد؛ كه از زمان سلطان محمد خدابنده (اوايل قرن هشتم) به همت يكي از مبلغين ديني ساخته شده و در عهد صفويه رونق بسزايي داشته است.

پس از حملة افاغنه مدرسه از رونق افتاد ولي رشتة تدريس و تعليم و تربيت در نايين قطع نشد و حوزه‏هاي متعددي از طرف مجتهد عالي مقام ميرزا عباس كاشفي و احفاد ميرزا كاشفي و ديگران دائر گرديد. عموم رجال نايين در نيمة قرن سيزدهم و قسمتي از قرن چهاردهم در يك يا چند حوزه تَلَمُّذْ كرده‏اند. در عين حال مكتب‏خانه‎هايي نيز دائر بود كه اطفال را مهيا مي‏كردند و مقدمات آن‎ها را از خط و سواد فارسي و عربي تكميل مي‏نمودند و آن‎ها را به حوزه‎هاي علميه مي‏فرستادند.

مرحوم ملا صدراي معلم فرزند ملا حسن مدت 50 سال و مرحوم ميرزا حسين بن حاج ميرزا عبدالمحمد نيز چندين سال مكتبي براي تعليم و تربيت داشت.

علاوه بر آن‏ها كسان ديگري نيز نظير تاج‏الذاكرين مرتاض، ملاحسن آخوند فرزند ملامحمد جعفر بن ملاحسن را مي‏توان نام برد. ‎آخرين مكتب دار در قرن گذشته مرحوم ملارضا معلم بوده كه طرز كار و تنبيهايش معروف است و نزديك به هشتاد سال قبل يعني آغاز فرهنگ جديد بدرود حيات گفت. در قرن حاضر مكتب‏ خانة مرحوم ملا رضا الياس‏زاده چندين سال جهت تعليم و تربيت پسران 7 تا 11 سال دائر بود، كه از تمام محلة‎هاي نايين جهت آموزش به اين مكتب‏خانه مي‏آمدند.

البته در زمينة تعليم و تربيت زناني نيز بودند كه تعليم اطفال را به عهده داشتند كه از آن جمله صغري سلطان همسر ملاحسن آخوند كه پس از ايشان رباب خانم و انسيه خانم و زهرابيگم اين كار را دنبال كردند.

شهريه‎اي كه به ملا پرداخت مي‏شد حداكثر ماهيانه پنج ريال و حداقل دو ريال بود. كه خانواده‎ها با توجه به وُسْعِ مالي خود مي‏پرداختند.

تحصيل علم و كسب هنر و اخذ علوم از قديم در نايين رواج فراوان داشته و حتي زماني كه در بسياري نقاط مردان كمتر به دنبال دانش مي‏رفتند؛ در نايين اغلب زنان علاقه‎مند داراي خط و سواد بوده‎اند.

تاريخ تأسيس آموزش و پرورش نايين سال 1292 شمسي و تاريخ تأسيس اولين دبيرستان 1317 شمسي است، كه بتدريج مراكز آموزشي گسترش يافت و گرايش به سواد آموزي و تحصيلات جديد در بين اهالي افزايش يافت. اكنون بسياري از جوانان ناييني تحصيلات عالي را طي كرده و به مدارج عالي رسيده‏اند. عده‏أي در دانشگاه‏هاي كشور مشغول به تدريس هستند و روحانيون بنام، مهندسين و پزشكان حاذق، ادباي نامور، نويسندگان خوش ذوق و فرهنگيان دلسوز كاروان انديشه را تشكيل داده‏اند. كه اينان از ديار نايين برخاسته و به قصد انجام فعاليت‏هاي علمي در اقصي نقاط ايران و جهان به انجام وظيفه مشغول هستند.